原发性闭经需进行长期持续性治疗，主要是针对引起闭经的原因。药物治疗可选择雌孕激素及促排卵药物，也可视患者情况行手术操作。
一、一般治疗
低体重或因节制饮食消瘦致发育不良者，应进行营养状况评估，并根据评估结果调整饮食、加强营养，运动性闭经者应适当减少运动量及训练强度。
二、药物治疗
1、雌激素：性腺功能低落的原发性闭经患者可使用雌激素治疗，待子宫发育达成人大小后，可根据子宫内膜增殖程度定期加用孕激素或采用雌、孕激素序贯配方制剂的周期疗法。
2、孕激素：性腺功能低落的青春期女孩的周期疗法中，建议选用天然或接近天然的孕激素药物，如地屈孕酮和微粒化黄体酮。某些原发性闭经患者有性征发育或性征发育完全正常，这类体内有内源性雌激素的闭经患者，在排除先天性无子宫等子宫性闭经后，在病因治疗的同时应定期给与孕激素，使发生子宫内膜定期撤退的子宫出血。
3、促排卵药物：原发性闭经患者到了生育年龄有生育要求时，可根据闭经的不同分型采用不同的药物诱发排卵，用尿促性素、绒毛膜促性素及氯米芬治疗。
三、手术治疗
1、对于有生育要求，诱发排卵后未成功妊娠，或合并输卵管问题的闭经患者或男方因素不育者可采用辅助生殖技术治疗。
2、若患者存在生殖器官发育缺陷，主要是通过手术尽力恢复生殖器官的正常解剖关系。