通常医生确诊为粒性白细胞缺乏性咽峡炎后，会针对病因和症状制定治疗方案。主要原则在全身治疗，促进粒细胞生长。同时要去除致病因素，应重视支持疗法和控制感染，患者治疗周期一般为1~2周。
一、一般治疗
控制高热，体温38.5℃以上者，应给予物理降温、退热药物治疗、止惊治疗，患者发生高热惊厥时，需要及时止惊治疗。使用生理盐水、1％过氧化氢溶液、复方硼砂溶液、高猛酸钾溶液等漱口，保持口咽部清洁。清热消肿药物治疗，补充适量维生素等，吞咽困难者会酌情静脉补液。
二、药物治疗
1、停止患者正在服用抑制白细胞生长的药品，停药之后，需要服用升粒性白细胞的药物，如地榆升白片、鲨肝醇、维生素B4等。
2、核苷酸、戊糖溶于生理盐水中，行肌肉注射，可促进骨髓细胞生长。
3、大量青霉素注射，防止感染，青霉素过敏者禁用。
4、可使用复方硼酸溶液行口腔护理治疗。
三、手术治疗
粒性白细胞缺乏性咽峡炎患者一般不采取手术治疗。