肠套叠的发病原因，主要有以下几方面：
1、饮食因素：小儿自四月龄时开始添加辅食，肠道功能不能及时适应。
2、回盲部解剖因素：小儿肠道的回盲部比较游离、活动度大、回盲瓣肥厚，且回盲部淋巴组织丰富，有可能套入临近肠管而发病。
3、肠痉挛及自主功能失调：炎症、腹泻、寄生虫等各种致病因素，导致肠道蠕动节律紊乱而发病。
4、其他方面：病毒感染、遗传因素。
肠套叠指一段肠管及其附近肠系膜套入邻近肠管，而引发的肠梗阻，多见于两岁以内的小儿，尤以4-10月龄患儿多见。