消化性溃疡常用的药物包括对因治疗以及促进黏膜愈合的治疗，对因治疗主要是查找有无幽门螺杆菌，如果有幽门螺杆菌的感染，应该根除幽门螺杆菌，幽门螺杆菌的治疗目前推荐的是四联疗法，也就是两种抗生素加上质子泵抑制剂，加上铋剂，建议疗程是10-14天。
如果没有幽门螺杆菌感染，应该查找原因是不是特殊的药物，比如解热镇痛药引起来的溃疡，尽量再次避免使用这些药物。治疗溃疡的愈合主要还是抑酸药，目前的抑酸药推荐首选的还是质子泵抑制剂，常用的有雷贝拉唑、兰索拉唑、艾司奥美拉唑等。往往十二指肠球溃疡用四周，胃溃疡建议6-8周。除此以外，还可以加用胃黏膜保护剂，比如硫糖铝、米索前列腺醇等。这些药主要是有保护胃黏膜、促进溃疡的愈合的作用，但是单独用药不合适，往往是一种辅助治疗方法。