非淋菌性尿道炎的典型症状是尿道刺痒、尿急、尿痛、排尿困难，多数患者晨起时会发现尿道口有少量黏液性分泌物，部分患者则无明显临床症状。若不经过合理化治疗，可能进一步发生泌尿生殖系炎症。
一、典型症状
男性无症状患者约20%～50%，女性无症状患者70%左右，有症状的患者典型临床表现为：
1、尿道刺痒：开始尿道口刺痒、红肿，排尿伴有疼痛，偶尔于尿道口可见少量黏性分泌物。症状较淋菌性尿道炎轻。
2、尿急、尿痛及排尿困难：病原体刺激尿道上皮细胞，使尿道上皮炎症机化可引起尿道狭窄，最初病人毫无感觉，逐渐出现排尿不畅、排尿疼痛，最后可能出现排尿困难等。
3、尿道异常分泌物：尿道分泌物增多，呈白色稀薄液体。有时会发现尿道口有血痂或内裤污秽，多于晨起时发现。
4、女性白带异常：女性患者会出现白带增多，色黄或带血或有异味，进一步可能会出现宫颈水肿、糜烂。
二、其他症状
部分患者有性交痛，也可出现由口与生殖器接触导致的咽部感染，累及生殖系统还可出现宫外孕、不育症，甚至肝周围炎。