早孕合并甲状腺功能减退吃左甲状腺素钠没有不良影响，怀孕早期是胎儿大脑和各个器官形成的重要阶段，而大脑的发育、骨骼的成熟都需要甲状腺激素。在孕早期胎儿甲状腺还没有发育成熟，不能够提供自己所需要的甲状腺激素，这个时候就需要母亲提供甲状腺激素帮助。
如果孕妇在孕早期存在着甲状腺功能减退，没有得到及时的诊断和治疗，会出现围产期的并发症，也会对后代的智力产生影响。孕早期如果明确诊断甲状腺功能减退，按照医生的要求服用左甲状腺素钠的药物，能够降低围产期的并发症，对后代的智力不会产生影响。