腘窝囊肿的症状有轻有重，轻者可以没有任何自觉症状，只是可以摸到膝关节后面的腘窝里面有一个囊性肿块，可能会伴有轻微的压痛；肿块一般表面光滑，固定不活动的，质地比较柔软，有时候用手按压可以压扁。如果囊性肿块比较大，可以出现腘窝部的不舒服或行走后觉得胀痛的感觉。如果囊肿是由于关节滑囊炎症导致的，则可能出现炎症常见的症状，例如表面皮肤发红，肿胀，皮温较正常为高，有明显的触痛。有时候囊肿太大，可妨碍膝关节的伸屈活动，导致膝关节伸直或屈曲时受到影响。