疟疾患者绝大多数是可以彻底治愈的，不会影响人的寿命，非洲疟疾活不过40岁的说法是不正确的。疟疾的病死率因感染虫种不同而差异较大，间日疟、三日疟和卵形疟病死率很低，而恶性疟的病死率较高，婴幼儿感染、延误诊治和耐多种抗疟药虫株感染的病死率较高。脑性疟病死率达9%-31%，而且可以出现偏瘫、失语、斜视、失明、小脑共济失调和精神异常等多种后遗症。
目前临床上对于疟疾的治疗主要包括基础治疗和抗原虫治疗，基础治疗主要就是一般支持及对症治疗，包括发作期及退热后24小时应卧床休息、注意补足水分等。抗原虫治疗是疟疾治疗的核心，选药的原则根据诊断是否为恶性疟原菌、血中原虫的密度大小、病情轻重、是否来自耐药流行区、当地疟原虫的耐药类型来选择药物。世界卫生组织建议使用青蒿素衍生物与另一种有效的抗疟疾药物的联合方案，这是目前最有效，并且可以避免疟原虫产生耐药性的方法。