先天性肛门闭锁术后，可能会出现后遗症，常见于以下方面：
1、肛门失禁：轻者腹泻时有肛周污粪，重者排便不能控制；
2、肛门狭窄：术后感染、直肠回缩，使肛门瘢痕愈合，又未能及时扩肛，可导致肛门狭窄，严重者继发巨结肠；
3、瘘管复发：原有瘘管缝扎不牢靠或术后局部感染、缝线脱落等，可能导致瘘管重新开放；
4、黏膜脱垂：可能与会阴切口过大、肛门括约肌功能受损、肛门不能完全闭合有关；
5、便秘：可因手术创伤疼痛引起，术后有肛门狭窄，直肠、乙状结肠扩张可导致便秘。