急性肾盂肾炎的病因包括尿道黏膜损伤、尿路梗阻、膀胱输尿管反流等。
1、尿道黏膜损伤：膀胱镜检、插导尿管、长期保留导尿管或尿道手术时操作不慎，都可导致尿道黏膜损伤，局部黏膜的天然屏障被损坏易诱发该病。
2、尿路梗阻：正常情况下尿液不断冲洗尿路，细菌不易在尿路停留繁殖，且尿路黏膜内有白细胞，膀胱黏膜可分泌局部抗体，发挥杀菌作用，所以是无菌的。而尿路梗阻导致尿液潴留，细菌易于停留在尿路，易引发感染。
3、膀胱输尿管反流：膀胱肿瘤、前列腺肥大、先天性输尿管开口异位、脊髓损伤等疾病时，排尿时可有部分尿液从输尿管反流至肾脏，将细菌带至肾盂引起发病。