支原体肺炎感染起病缓慢，初期可有数天到一周的无症状期，继而出现低热、乏力、头痛、咽痛、肌肉酸痛。患者咳嗽明显，多为阵发性干咳，夜间较重。
持久的阵发性咳嗽为支原体肺炎较为典型的表现，继发细菌感染时可伴有黄色脓痰，发热一般为中等度发热，部分患者可以出现不发热，可伴有鼻咽部、耳部的疼痛，少部分患者可以出现呼吸困难。查体中10%-20%的病人可出现皮肤的斑丘疹和多形红斑等，胸部的体征并不明显，与肺部病程不相符，部分患者可伴有干湿啰音，但是很少有肺实变体征，也有的患者整个病程中并无任何阳性体征。