儿童中枢神经系统感染最常见的疾病是脑炎，根据引起脑炎的病原体不同，可以分为细菌性脑炎、病毒性脑炎和结核性脑炎以及真菌性脑炎等。细菌性脑炎常见病原体为流感嗜血杆菌、脑膜炎球菌和肺炎链球菌；病毒性脑炎的病原体常见为流感病毒、副流感病毒和鼻病毒等；真菌性脑炎以白色念珠菌、新型隐球菌和曲霉菌多见。此外，有支原体、衣原体、寄生虫等，也可以引起中枢神经系统感染。