甲减的病因复杂多样，原发性甲减占全部甲减的99%。病因包括自身免疫性甲状腺炎、甲状腺全切或次全切除后、甲亢碘131治疗后、颈部放疗后、甲状腺内广泛病变、先天性甲状腺缺如、异位甲状腺、亚急性甲状腺炎、碘过量、碳酸锂、保泰松等药物、TSH不敏感综合征、甲状腺激素合成相关基因异常。继发性甲减的病因为垂体性甲减、下丘脑性甲减。消耗性甲减的病因为血管瘤、体外循环手术后。