苍蝇可通过机械性携带方式传播多种病毒，如脊髓灰质炎病毒、肝炎病毒、天花病毒等，机械性传播是苍蝇主要的传播疾病方式。通过苍蝇体内、体外携带病原体，以及苍蝇内特有的进食性特点，能够将多种病原体传播、扩散，除了可传播病毒性感染病外，苍蝇可传播以下感染性疾病，细菌性疾病，如伤寒、副伤寒、菌痢、霍乱，以及细菌性食物中毒、炭疽、破伤风、急性坏疽，或者化脓性球菌感染等。寄生虫病，如蛔虫病、蛲虫病、鞭虫病，以及阿米巴痢疾等原虫和蠕虫病，此外还可传播沙眼和雅司病等。另外某些蝇类还具有生物性传播方式，如冈田绕眼果蝇，是结膜吸吮线虫的中间宿主，在非洲舌蝇还可传播人体锥虫病。