肾结石的治疗有很多种方法，碎石包括体外冲击波碎石和手术内镜下的碎石。其中体外冲击波碎石的并发症包括石街形成、残石再生长、排石引起的肾绞痛、泌尿系感染、败血症、感染性休克、肾脏损伤、心率失常及不良血管事件。消化系统损伤是否会导致高血压及糖尿病，目前仍存在争议。
而在内镜下碎石中经皮肾镜碎石，其并发症包括肾实质出血、邻近脏器损伤、集合系统穿孔、稀释性低钠血症、感染和肾周积脓等。而输尿管镜下碎石取石术并发症包括输尿管撕脱，其为较严重的并发症，其它并发症还包括败血症、石街形成、输尿管损伤、尿路感染，远期并发症包括输尿管狭窄。