大部分脑炎能彻底治好，病毒性脑炎，最常见的是由单纯疱疹病毒感染，引起的出血坏死性脑炎。急性期积极给予对应的抗病毒药，如更昔洛韦、阿昔洛韦治疗14-21天，患者能彻底治愈。如果是结核性脑炎或脑膜炎，抗结核需要进行三联到四联的联合应用抗结核药物，治疗的疗程至少6-9个月，甚至一年的时间。
如果是自身免疫性脑炎，需要应用激素冲击治疗、丙种球蛋白治疗，后期激素要改成口服长期维持，必要时应用免疫抑制剂，治疗的疗程至少要半年以上，个别人需要达到用药一年。大部分脑炎能彻底治愈，少数的脑炎治好之后会有一定的后遗症，比如重症病毒性脑炎遗留有癫痫的后遗症，还有自身免疫性脑炎遗留有智力减退，以及运动障碍等后遗症，结核性脑炎或脑膜炎可以遗留有头痛的后遗症等。