1、病原学检查：
（1）咽拭子、痰液、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、血液等直接涂片镜检或做革兰染色、PAS染色，标本中发现芽生孢子及假菌丝和菌丝有诊断价值。
（2）正常人咽喉部可带菌，痰培养3次以上阳性才有一定的诊断意义。
（3）经支气管镜保护性毛刷采样培养较为可靠，由于菌血症持续时间短，故血培养阳性率较低。
2、组织病理学检查：纤支镜活检或经皮肺活检，组织病理学检查有念珠菌菌丝侵入证据可以确定诊断。
3、免疫学检查：检测念珠菌抗原主要有甘露聚糖抗原、47KD抗原、热不稳定抗原，免疫学检测抗甘露聚糖抗体、敏感性和特异性均不理想，重症患者、免疫功能缺陷者常出现假阴性。
4、胸部影像学检查：影像学表现特异性差，支气管炎型在X线上大多无异常表现，或仅有两下肺纹理增多、增粗、模糊，偶见肺门淋巴结肿大。支气管-肺炎型见中下肺野弥漫性斑片状影。肺炎型则呈小片状或大片状阴影，常波及整个肺叶，或有小片状阴影的大片融合，甚至脓肿形成。病变可以在短期内变化，或出现游走，亦可伴胸膜改变。少数病例影像学上可表现为间质性病变，或粟粒状阴影，可有融合趋势。无基础疾病的患者肺部出现孤立性结节(念珠菌球)，酷似肿瘤，慢性病变呈纤维条索状阴影和代偿性肺气肿。与曲霉和隐球菌相比，肺念珠菌病表现为实变影较多见。