正常情况下肾小管壁光滑、无皱褶、无憩室，就不会形成肾囊肿，没有肾囊肿是最好。如果有了肾囊肿，则以肾囊肿大于5公分为大，小于5公分的肾囊肿，视为无需特殊处理，给予定期肾脏B超，观察其大小即可。
如果肾囊肿大于5公分，并且有腰困痛不适，甚至囊内有炎症，表现有血尿，则需特殊处理。给予消炎对症，尿血缓解后，B超介入治疗，或去顶手术治疗，之后半年复查一次，多次复查，囊肿未再现，则为痊愈。