打HPV疫苗时，打针的地方局部有点疼痛，但一般都可以耐受，与打其他种类的疫苗区别不大。打宫颈癌疫苗目前没有发现特别严重的副作用，对疫苗的活性成分或者辅料的成分过敏的人群，应禁止接种疫苗。有人接种一针后发生了严重过敏反应，则不能再继续接种。
常见的不良反应是接种部位的局部反应，比如疼痛、肿胀、红斑、瘙痒、硬结等等，个别人有全身的不良反应，比如发热、头痛、眩晕、疲劳、肌肉痛、关节痛，还有恶心、呕吐、腹痛等胃肠道的反应。一般接种部位的不良反应多为轻中度，大多可自然缓解，不需要特殊处理。全身的不良反应也比较轻微，有自限性，也不需要特殊处理。