蒙脱石散与黄连素的区别如下：
1、其成分不同，蒙脱石散是由天然蒙脱石微粒粉剂制成，黄连素是一种生物碱，是从黄连、黄柏等植物中提取出来的中药。
2、主要作用不同，蒙脱石散会使消化道内的病毒、细菌等失去致病作用，并且会对病毒、病菌产生的毒素、气体等有固定和抑制的作用，能够保护消化道黏膜，并且可以修复消化道黏膜，提高黏膜的屏障和攻击因子的防御能力。而黄连素有抑菌的作用，常用来治疗肠道感染，比如细菌性痢疾等。
3、两者的副作用不同，蒙脱石散的副作用会造成便秘，黄连素的副作用有恶心、呕吐、皮疹等症状。在使用过程中，一定要在医生的指导下对症用药。