确定是否是肛瘘需要从三个方面判断：第一，临床症状，肛瘘的典型临床症状为肛周反复肿痛以及流脓，一般先出现肿痛，流脓以后肿痛缓解。第二，体格检查，可以在肛门周围看到肉芽肿性或者凹陷溃疡性肛瘘外口，挤压以后有脓液流出，部分肛瘘可以在肛门周围摸及条索状瘘管走向肛内。第三，辅助检查，可以通过肛门周围彩超，直肠腔内超声以及磁共振检查明确肛瘘。