低血糖的原因有很多，总体上分为是糖尿病患者，还是非糖尿病患者。对于没有糖尿病的患者，低血糖分为空腹低血糖和餐后低血糖。绝大多数空腹低血糖一般都存在器质性疾病，可能存在一定的疾病而导致低血糖的临床表现，这些疾病主要包括最常见的胰岛β细胞瘤、肿瘤、肝硬化、肝脏疾病等等。
餐后低血糖大多数是功能性因素，也就是不一定会有器质性疾病。对于糖尿病的患者在使用降糖药物，在减重、控制饮食的人群，大多数可能会是糖尿病的临床表现，也可能是药物降糖的副作用，这就是低血糖最主要的病因。