缺磷会引起软骨病、免疫力低下及血细胞异常等疾病，人体内磷主要分布于骨，还有各组织细胞，仅有少量存在于体液中。磷构成骨盐的成分，参与成骨的作用，所以缺乏会引起佝偻病、软骨病。
另外，磷还是核酸、核苷酸、磷脂、辅酶等重要生物分子的主要组成成分，发挥各自重要的生理功能，如三磷酸腺苷、磷酸肌酸等高能磷酸化合物是能量的载体，参与生命活动。所以磷缺乏会使身体生命活动受影响，导致免疫力低下，从而引起各种疾病，会导致红细胞、白细胞、血小板异常，因在血细胞代谢过程中，戊糖磷酸途径提供能量来维持红细胞的完整性，所以异常缺乏会引起溶血。无机磷酸盐还是机体中重要的缓冲体系成分，严重缺磷会影响身体酸碱平衡。