永存动脉干治疗周期一般2~3周。需通过手术治疗，延长患者生命。永存动脉干属于预后极差的严重先心病，未治疗的患儿平均死亡年龄为几周至数个月不等。在出生后2~3个月应做手术修复。手术修复包括肺动脉从共干分离和通过导管与右心室连接，室间隔缺损的修补，共同动脉的修补。
一、一般治疗
密切监测呼吸、心率、血压、心电图及血气等变化。使患者安静，绝对卧床2~3周，已采取了有效抗凝治疗者卧床时间可适当缩短，吸氧，保持大便通畅，勿用力排便。
二、药物治疗
本病尚无有效药物治疗，但可应用头孢哌酮舒巴坦抗生素控制下，肢血栓性静脉炎和预防肺栓塞并发感染。
三、手术治疗
永存动脉干的病人，一旦确诊就应进行手术治疗，未进行手术治疗的病例，50％在1个月内死亡。根治手术原则上越早越好，6个月或1岁以内，有的病例就出现重度肺血管阻塞性病变，因而在新生儿期行根治手术能更有效地防止肺血管病变的发展。对伴有严重心力衰竭的病人应先经内科积极治疗后进行根治手术，对内科治疗无效的严重心力衰竭的病例，有时也需要考虑尽早的手术。