如果肛门内部隐隐作痛先需要排除直肠炎、肛窦炎的情况，另外也要排除肛周脓肿或者直肠黏膜下脓肿的情况。可以先进行肛门镜的检查了解肛管内部的情况，观察有没有黏膜的充血、水肿、糜烂状态。
另外还可以使用电子肠镜的方法进行检查，相对来说可以了解整个肠道内部的情况。如果肛门内部隐隐作痛需要早检查、早治疗，诊断明确后主要治疗的方法是药物的对症治疗，而且以局部的用药为主。