小儿急性感染性心内膜炎抗生素治疗，疗程较长一般为4~6周，有严重并发症者疗程还要更长一些，抗生素治疗的原则是早期联合用药，通常于发病后24~48小时采血三到五次后，即可根据致病菌可能的入侵途径选择用药，可以先按经验用量给药，三天以后再做必要的调整，抗生素剂量要足，选用敏感的杀菌药，在具体应用时针对不同病原菌感染选用不同的抗生素。