小儿急性肠系膜淋巴结炎的治疗原则为针对病原给予抗炎、抗病毒治疗，同时针对发热、腹痛等症状给予对症治疗。药物方面可选择阿莫西林、布洛芬、林格氏液，病情严重患者可进行剖腹探查联合脓肿切开引流术改善，部分患者可通过中医治疗改善。
一、药物治疗
1、阿莫西林：对明确细菌感染的患儿可采用抗生素序贯疗法，即先经静脉滴注给药，待病情得到控制，再改为口服同类抗生素，既可收到良好疗效。
2、布洛芬：若患者出现腹痛表现，可服用该药物缓解疼痛，属于对症治疗，但可出现消化道不良反应。
3、林格氏液：常用于维持患儿水、电解质平衡。
二、手术治疗
剖腹探查联合脓肿切开引流术：若小儿急性肠系膜淋巴结炎导致腹腔脓肿形成后，腹腔脓肿经全身抗感染治疗不见好转，炎症有扩大倾向者，需经脓肿切开引流术治疗。