胎儿畸形的原因很多，到目前为止胎儿畸形发生的原因不是很明确，可能和遗传因素、生物因素、化学因素、物理因素、环境污染因素等等相关。
遗传因素常见的疾病有21三体综合征、18三体综合征、13三体综合征。生物因素有弓形虫感染、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、带状疱疹病毒、水痘病毒、肝炎病毒、梅毒螺旋体微小病毒，这些感染会引起胎儿畸形。
还有化学因素，比如农药敌敌畏、敌百虫、有机氯、有机汞等重金属，还有氯丁乙烯、丙烯晴等高分子化合物，抗肿瘤药、链霉素、卡那霉素，还有活疫苗等等，在孕早期即致畸敏感期都会有直接的危险。还有一些物理因素，比如长期的电磁辐射可能引起染色体畸变导致胎儿畸形，还有可能就是抽烟、喝酒、吸毒、其他环境污染等因素也会引起胎儿畸形。
因为现在生活的社会，包括吃的好多东西，还有呼吸的空气都有雾霾，都有可能造成畸形，所以不一定是一种原因的结果，也许是好几种原因同时作用的结果。