包涵体性结膜炎一般需要短期治疗，主要通过局部及全身药物进行治疗，积极地控制感染、减轻炎症反应、减少结膜瘢痕形成，发生睑球粘连后需手术解除粘连。
一、药物治疗
1、红霉素：婴幼儿可口服红霉素，连续治疗2周以上。如有复发需再次全程给药，可辅予抗生素局部点眼。
2、四环素或多西环素：对于成人患者可口服四环素或多西环素，治疗3周，可辅予抗生素局部点眼。
3、外用药物：可外用0.1%利福平滴眼液或15%磺胺醋酰钠滴眼液滴眼，或用0.5%红霉素或四环素眼膏涂眼。
二、手术治疗
睑球粘连松解术：如果有结膜瘢痕的形成，可能会导致发生睑球粘连，需行睑球粘连松解术。
三、其他治疗
如果合并其他部位及器官的支原体感染，应该同时进行治疗。