疱疹性咽炎目前治疗手段主要是药物治疗，包括抗病毒治疗、口服维生素、使用解热药物以及给患儿加强营养和护理，疱疹性咽炎易反复发作，故需长期间断治疗。
一、一般治疗
1、加强护理，注意营养、维生素和水分的摄入，流质或半流质饮食。
2、高热时可先采用物理降温，如冷毛巾湿敷前额、冰枕、温水擦浴等，体温超过38.5℃再用药。
二、药物治疗
1、抗病毒治疗，三氮唑核苷(利巴韦林)静点、口服，也可用阿昔洛韦。对病毒有一定的抑制作用，有急慢性肾炎者忌用静脉滴注，因滴速过快可引起肾衰。
2、疱疹性咽炎无需应用抗生素，若有细菌继发感染或并发中耳炎、鼻窦炎时，可采用抗生素治疗，全身症状重者可静脉加用肾上腺皮质激素。
3、局部治疗可用复方硼砂液清洁口腔，较大儿童可用口腔炎喷雾剂喷局部，或薄荷含片、泰乐奇等口含，减轻咽部疼痛症状。
4、口服维生素C和复合维生素B等。
三、手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。