膈下脓肿属于继发感染，多继发于腹部手术、腹部外伤、弥漫性腹膜炎等，因此可采用一定的预防方式预防膈下脓肿的发生。
（1）对于术前诊断为胃十二指肠溃疡穿孔、急性阑尾炎穿孔、化脓性胆管炎等疾病，并伴发急性弥漫性腹膜炎的患者，手术时应仔细检查膈下区域，吸净脓液，并用大量生理盐水冲洗腹腔，直至冲洗液清亮为止。
（2）腹腔手术时，特别是胃肠道手术，应避免空腔脏器内容物外溢，使腹腔污染。实质性脏器手术应彻底止血，防止血液聚积在膈下。
（3）术后应尽早采取半卧位，使腹腔内液体流入盆腔，并使用抗生素治疗。