目前治疗解脲支原体的药物主要是抗生素，常用的包括了多西环素、阿奇霉素以及左氧氟沙星。这些药物需要根据症状，在医师指导下进行应用。但是对于解脲支原体阳性患者，目前的治疗观点认为，如果患者存在有明显的症状，就需要进行药物治疗，而且药物治疗一般疗效比较好。
如果患者没有临床表现，说明是健康携带者，一般不需要进行处理。对于解脲支原体的感染，治疗主要的原则是控制临床症状，并不追求对解脲支原体赶尽杀绝，而且也无法赶尽杀绝。