1、真菌镜检：真菌镜检取材很重要，若甲板表面受累，可取甲板浅表部位的甲屑。若甲下受累要刮到病灶处甲屑，若真菌镜检阳性，结合甲变色、无光泽、增厚、破损，一般即可确诊。
2、真菌培养：真菌镜检阳性可确定真菌感染，但不能辨别致病菌种。通过真菌培养，可判断是由皮肤癣菌、酵母菌、非皮肤癣菌性霉菌等何种菌种感染所致，及时发现病因，针对致病菌合理用药，避免延误疾病治疗。
3、皮肤活检：真菌镜检及培养结果为阴性，临床症状见甲变色、增厚、破损，高度怀疑本病时可取受累处做皮肤病理检查，协助诊断。此外，病理检查对真菌分类也有一定帮助，皮肤癣菌菌丝沿甲板平行生长，念珠菌有成群孢子及假菌丝，霉菌粗大不规则，色泽不匀，排列紊乱。