克罗恩病的病因尚不明确，但是各种研究表明遗传和环境因素在其中起到一定作用。
1、遗传因素：全基因组关联研究已经确定了超过 71 个不同的遗传易感性位点，但迄今为止已确定的所有基因在克罗恩病的总遗传风险中所占的比重不足20％。
2、环境因素：吸烟、口服避孕药、高精制糖饮食、营养缺乏和传染性病原体与发病相关，一些研究表明，非甾体抗炎药（NSAID）可能会诱发克罗恩病，还有研究表明发生急性胃肠炎和后续患克罗恩病的风险具有相关性。