甲硝唑是一种抗厌氧菌的消炎药，对于牙龈肿胀所引起的牙疼具有消炎作用。当口腔内发生牙周脓肿或者智齿冠周炎时，则需要在局部冲洗，上药以后可以配合甲硝唑来进行辅助炎症控制。
如果牙疼是由于牙齿上有虫牙，如深龋或者牙髓炎所引起，则甲硝唑并不能够起到治疗牙疼的作用。这时候需要针对龋齿进行补牙治疗，针对牙髓炎进行根管治疗，才能解决牙疼的问题。