眼外肌发育不全可通过孕期的预防保健和遗传咨询进行预防，早发现、早诊断是本病防治的关键。
1、孕期的预防保健：孕妇需要注意保持心态良好，规律生活，避免压抑和情绪紧张。饮食规律，加强营养，避免油炸煎烤类食物，以及含有防腐剂类的食物。避免接触放射源，避免乱用药物。注意避免受凉、劳累，以免引起感冒等病毒感染。
2、遗传咨询：为了优生优育，有斜视家族史的孕妇要进行遗传咨询，了解是否有遗传的可能。