溃疡性结肠炎一般呈慢性病程，为终生复发性疾病，对于轻型以及长期缓解期的患者，预后都比较好。如果能注意饮食并且规律的用药，疾病有可能不会复发。对于重症患者并且急性起病，有并发症，比如大量的出血，甚至穿孔的患者，或者年龄>60岁的患者，往往预后不是非常好。
慢性持续的活动和反复发作频繁者，预后也比较差。这类患者需要密切监测，如果病程、病史非常漫长并且反复发作的患者，尤其是全结肠的患者。如果是10年以上的病史，癌变率也会明显增加。对于这类患者，应该及时复查结肠镜，积极观测其疾病的变化。