肛瘘的治疗原则主要是手术去除瘘管，切除内口，引流分泌物，注意瘘管和肛门括约肌间的关系，了解括约肌的静脉张力和肛门随意收缩的强度，防止术后肛门功能不良。具体的手术方法有挂线疗法、瘘切除术、主灶切除对口引流法、瘘切开术、瘘切除术一期缝合手术等方法。具体选择哪一种手术方法，需要结合瘘的实际情况、内口的位置、瘘管有无弯曲和分叉等考虑。