滴虫性阴道炎本身治疗较为简单，有症状者需及时治疗，无症状者可以不必筛查和治疗。但由于在妊娠期需要考虑药物对胎儿的影响。目前主要治疗方法是在妊娠中晚期运用甲硝唑治疗妊娠合并滴虫阴道炎，但也有部分专家建议，没有相关症状的滴虫阴道炎孕妇可以推迟至37周后再行药物治疗，以减少用药不良反应。同时，由于滴虫感染多为性接触感染，所以性伴侣需要同时治疗。
一、药物治疗
1、甲硝唑：这是滴虫性阴道炎首选，一般口服一周可达到治愈效果。属于妊娠B类用药，临床应用是安全药物。哺乳期妇女服用甲硝唑及用甲硝唑12～24小时后，应停止哺乳。但妊娠早期服用时，尚未能排除对胎儿致畸影响，因此在妊娠早期及哺乳期不建议使用，及时在孕中晚期也应该告知患者本人存在的不良反应可能性。
2、乳酸菌及其代谢产物的微生态制剂：纠正阴道微生态失衡，恢复乳酸菌的优势地位，可提高滴虫阴道炎的治疗效果，减少复发。
二、手术治疗
该病一般无需手术治疗。