果糖可以直接成为1,6-二磷酸果糖，从而进入糖酵解过程，果糖实际上比葡萄糖更容易被代谢，因为可以绕过糖酵解途径的限速酶，6-磷酸果糖基酶。果糖在体内代谢不受胰岛素的控制，在肝脏内果糖首先磷酸化生成果糖-1-磷酸，然后分解成丙糖，丙糖进一步合成为葡萄糖和甘油三酯，或进入糖酵解途径。
身体正常的人仅有极少量的葡萄糖从肝脏释放出来，因此人体摄入果糖，不会引起摄入葡萄糖、蔗糖容易引起的严重饭后高血糖或低血糖。果糖在体内的代谢不会产生乳酸，不会引起肌肉酸痛，果糖与体内的细胞结合力强。在极稳定的状态下释放热量，具有强化人体耐力及代谢的效果，是运动饮料的良好甜味剂。