肠毛滴虫病病因主要是毛滴虫进入人体肠道而引起了肠道病变，当因不洁饮食或生活在较差的卫生环境不慎摄入毛滴虫滋养体感染肠毛滴虫后，虫体会大量繁殖，使肠黏膜损害明显，多见于儿童。
毛滴虫感染，目前主要认为本病多由食入被肠毛滴虫滋养体污染的食物或饮水而感染，也可由苍蝇等传播。毛滴虫进入肠道内大量繁殖，因为虫体具有较多溶酶体酶，当大量虫体释放出溶酶体酶时，可致肠黏膜上皮细胞变性、坏死。