甲状腺功能减退的患者没有症状，但大多数患者会感到疲劳，这使得该病的诊断较困难，因为很多疾病都使人感到乏力。甲状腺功能减退的其它症状，包括缺乏精力、容易患感冒、毛发粗糙或者稀疏，以及便秘，也就是排便次数过少。
如果不进行治疗，甲状腺功能减退可以引起心肌收缩力的减弱、心率减慢，会使人在锻炼的时候感觉喘不过来气或者疲劳，也可以引起踝关节的肿胀。如果没有进行治疗的甲状腺功能减退，也可以升高血压、胆固醇，这两种情况都会增加心脏出现问题的风险。对于女性甲状腺功能减退可以干扰月经，可以导致受孕困难，对于怀孕的女性甲状腺功能减退也会引起问题，比如可以增加流产的机会。