儿童期肥胖会引起的问题主要是以下几个方面：
1、肺通气不良综合征，由于严重的肥胖导致肺通气功能降低、呼吸浅表，表现为乏力、气促、活动后气短、睡觉时候打鼾的症状。
2、糖耐量降低，和2型糖尿病有直接的关系，是胰岛素抵抗和高胰岛素血症造成的。
3、血脂紊乱，肥胖儿童经常发生脂代谢紊乱，表现为不同的血清总胆固醇、甘油三酯、低密度脂蛋白水平增高或高密度脂蛋白水平降低。有40%-50的肥胖儿童有脂肪肝，可以导致成人期肝硬化、肝纤维化，8%-33%的肥胖儿童发生胆结石症状。
4、心血管疾病，部分肥胖儿童中有轻中度的高血压，占10%-30%，多数有高血压的家族史，青少年肥胖致心绞痛在我国已见报道。
5、由于肥胖引起的双下肢长期过度负重，临床有膝关节疼、胯关节疼痛、关节活动受限、双下肢关节变形，如膝外翻、膝内翻，还有部分有股骨头无菌性坏死、小腿弓形或腓骨屈曲等，西药骨科矫形手术常发生在较小年龄的肥胖的儿童。
6、心理疾病，主要由于肥胖造成外形形象较差，活动或体育运动不灵活，会造成自卑感，做事缺乏自信和竞争力。