根据病变范围及病理类型采取不同的治疗措施，扁桃体癌多采用手术与放疗化疗结合的综合疗法。对部分不适于手术的患者，可单独放疗，亦可单独化疗或与前述方法结合进行。
一、药物治疗
对于晚期扁桃体癌可以采用化学药物，如顺铂、卡铂、紫杉醇等，可以延缓癌细胞的扩散。
二、手术治疗
1、T1、T2期扁桃体鳞癌治疗，无论单纯根治性放射治疗还是单纯手术治疗，都能取得较好效果，5年生存率约75%~90%。
2、T3、T4扁桃体鳞癌治疗原则，以放疗为主的综合治疗方法，可在保证治愈率的前提下更好的保留患者的生活质量。
3、扁桃体腺癌、腺样囊性癌对放疗不敏感，宜优先手术，术后补充放疗。
4、病变局限于扁桃体可行扁桃体切除，累及范围较广，可行扁桃体及肿物彻底切除、 胸大肌皮瓣修复手术。
5、下颌角下方淋巴结肿大者，可行颈淋巴结廓清术，术后辅以放疗及化疗。
三、放射治疗
对放射线敏感的恶性淋巴瘤及未分化癌，或进展期肿瘤切除术后，或因病变范围较广导致手术难以切除的高分化鳞癌宜用放射治疗，同时配合化疗及免疫治疗。