萎缩性胃炎的癌变信号，主要是活检可以见到肠化以及不典型增生。据文献报道，萎缩性胃炎的癌变率大约为1%，胃黏膜光滑的轻度萎缩性胃炎，癌变的几率非常少。如果萎缩性胃炎伴有息肉，并且发现有肠腺的化生和不典型增生者，应该加强随访。
肠腺化生被认为与胃癌有一定的关系，尤其是胃酸高分泌的腺癌，常常发生在肠腺化生的基础之上，肠腺发生的部位与胃癌发生部位非常相似，所以其与胃癌的关系比较密切，尤其是结肠型化生。出现了萎缩性胃炎需要定期的进行随访，判断肠化生的程度以及类型和进展情况。此外不典型增生，也就是内瘤变，也是胃癌的癌前疾病。如果是中度以上的不典型增生，也就是高级别内瘤变，要考虑是胃早癌，需要进行积极的黏膜剥离术。如果是轻度的不典型增生，可以进行定期的随访，来观察其演变情况。萎缩性胃炎癌变的信号，主要是判断肠化的类型和进展情况，以及其不典型增生的情况。