结石过大难以自行排出就需要碎石治疗，碎石治疗的适应症包括结石直径≥7mm，结石造成尿路梗阻、感染、肾功能损害等，碎石治疗的方法包括体外冲击波碎石、输尿管镜碎石、经皮肾镜取石和逆行输尿管软镜碎石。体外冲击波碎石的适应症是直径≥7mm的肾结石，对于直径在7-20mm大小的各种成分肾结石，并且不合并肾积水和感染者，体外冲击波碎石是一线治疗。对于直径大约20mm的肾结石，体外碎石虽然能够成功碎石，但存在碎石次数多、排石问题多的缺点，因此一般结石超过20mm的结石考虑应用经皮肾镜的方式。
经皮肾镜的适应症各种结石都可经过皮肾镜来治疗，对于直径>20mm的肾结石和大于15mm的肾下结石是一线治疗，包括体外冲击波碎石难以击碎的直径<20mm的肾结石，肾结石合并肾积水，还有胱氨酸结石，有症状的肾盏或憩室内结石，蹄铁形结石和移植肾合并结石，鹿角形肾结石，目前可以应用输尿管软镜技术来治疗肾结石，适应症为直径<20mm的肾结石，尤其适用于体外冲击波碎石定位困难的X线阴性的肾结石。体外冲击波碎石治疗效果不好的结石，极度肥胖、严重脊柱畸形建立经皮肾通道困难者，均可采用输尿管软镜碎石。