囊虫病的治疗主要以消除囊尾蚴为主，根据囊尾蚴寄生部位及临床表现来选择治疗方法，主要有病原治疗、对症治疗和手术治疗，非活动期指一部分退变期的囊尾蚴无需抗虫治疗，眼囊虫病以手术摘除为宜，不应采取药物治疗。
一、一般治疗
1、去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，平时吃猪肉要煮熟，避免接触猪带绦虫病患者，排便后注意个人卫生。
2、合并症治疗：如有癫痫、视神经萎缩、肌肉酸痛无力等并发症，要同时积极治疗，以免加重症状。
二、药物治疗
1、阿苯达唑：口服具有影响虫体的正常代谢功效的药物，对阿苯达唑产生过敏反应，2岁以下儿童、孕妇、哺乳期妇女、蛋白尿、化脓性或弥漫性皮炎、各种急性传染病以及癫痫患者，眼囊虫病手术摘除虫体前，严重肝、肾、心功能不全及活动性溃疡病患者禁用。
2、吡喹酮：具有强烈杀死囊尾蚴的作用，儿童有严重心肝肾病者禁用，禁止同时应用细胞色素P450强诱导剂，如利福平。
3、20%甘露醇和地塞米松：主要用于治疗合并有颅内压增高的患者。
4、肾上腺素治疗：适用于合并过敏性休克患者。
5、苯妥英钠：本病患者如出现癫痫发作频繁，可使用苯妥英钠进行缓解。
三、手术治疗
脑囊虫病患者，尤其是第三、第四脑室内囊尾蚴多为单个者应采用手术摘除。
1、眼囊虫病患者应做手术摘除眼内囊尾蚴，避免加重视力障碍或失明。
2、皮下组织和肌肉囊虫病发生部位表浅且数量不多时，也可采用手术摘除。