1、体格检查：最为直接和便捷的检查手段，对于肺荚膜组织胞浆菌病患者来说，要着重听肺部的呼吸音，是否存在干湿性啰音，存在的面积有多大，初步判断感染的情况。
2、血常规：血液检查中应用最为普遍的一项，对于肺荚膜组织胞浆菌病的诊断中，一些相关炎症性反应的情况判断具有重要意义，特别是嗜酸性粒细胞的高低，也提示是否有真菌感染，因此对于炎症性疾病，白细胞、嗜酸性粒细胞水平有极高的参考价值。
3、血液生化：肺荚膜组织胞浆菌病重要检查之一，可全面的反应患者的相关肝功能以及蛋白水平，由此可判断疾病是否影响到肝脏，是重要的参考指标。
4、血清学试验：如本项检查的结果为阳性，则提示存在肺荚膜组织胞浆菌感染，用于对肺荚膜组织胞浆菌病的初步诊断，也是诊断肺荚膜组织胞浆菌病的金标准。
5、胸部影像学检查：肺部疾病常用的检查，可初步判断感染情况，如肺部X线检查无法明确判断，可及时行肺部CT检查以明确病情，是观察患者肺部感染情况的重要参考。
6、病原体培养：诊断肺荚膜组织胞浆菌病的重要检查，痰液或肺泡灌洗液培养出肺荚膜组织胞浆菌可确诊。