浅层点状角膜炎的病因尚未清楚，该病的发生与感染无关，可能与角膜损伤有关，部分患者可能与佩戴角膜接触镜有关。该病是角膜的活动性炎症，但不会诱发角膜新生血管。Thygeson浅层点状角膜炎是浅层点状角膜炎的一种，目前有部分学者认为该病的发生与病毒感染有关，是宿主对慢病毒感染产生的免疫反应。
一、主要病因
1、角膜损伤：任何可以造成角膜损伤的疾病均可引起该疾病，如干眼症、睑缘炎、倒睫、睑内翻或外翻、上睑板下异物、角膜外伤、化学烧伤等。
2、佩戴角膜接触镜：佩戴角膜接触镜者发生该病的几率比正常人明显偏高，其主要原因是：部分患者不能对角膜接触镜进行有效的清洁；患者在佩戴角膜接触镜时进行水下活动；患者佩戴角膜接触镜的时间过长；患者验配角膜接触镜时出现差错；患者长期佩戴角膜接触镜造成角膜损伤等。
3、其他原因：患者患甲亢等疾病，眼球突出导致暴露性角结膜炎；患者长期使用化妆品等破坏泪膜导致角膜炎；患者使用药物不当导致角膜炎；患者眼部手术导致角膜炎；特殊作业时保护不当可能会导致角膜炎，如焊接时未佩戴墨镜等。
二、诱发因素
1、药物：长期应用滴眼液等药物可能会导致角膜表皮糜烂，引起该疾病。
2、角膜接触镜：未按照说明使用角膜接触镜或佩戴的角膜接触镜不适合。