肛提肌综合征的主要症状为肛门以上部位发作性疼痛、直肠部位压迫感伴钝痛、便秘、便不尽感，部分患者会出现骶尾部疼痛，严重者可能会并发慢性直肠炎、慢性结肠炎等疾病。
一、典型症状
1、阵发性钝痛：患者常表现为肛管内或阴道内疼痛，疼痛通常为模糊钝痛，电击样、撕裂样、烧灼样疼痛，或表现为直肠的压力感增高，长时间坐位及卧位时可加重，持续数小时至数天。疼痛的发生可有一定的生理周期，早晨出现轻微症状，中午开始加重疼痛明显，晚上疼痛消失。触痛发生的部位不均匀，主要发生在左侧，按摩该肌肉通常引起不适感。
2、便秘、便不尽感：患者排便时，肛门直肠疼痛可加重，有的可出现排便协调失调，多伴有排便不尽感。
二、其他症状
骶尾部疼痛：临床表现为直肠内和骶尾部发作性疼痛、胀满或压迫感、坐下或躺下时加重，持续数小时或数天，部分患者在夜间因直肠锐痛而进行。